Воспитанник футбольного клуба «Олимпия» из своего родного города Любляна, Миливое перебрался в Австрию в юном возрасте и начал свою зарубежную карьеру в австрийском клубе «Клагенфурт», выступавший в автрийской Региональной Лиге. «Клагенфурт» известен тем, что эта команда была основана выходцами из словенской гимназии города Клагенфурт и традиционно имеет в составе несколько словенских футболистов, нашлось там место и Новаковичу. Сезон 2002/2003 нападающий провел в футболке клуба «Войтсберг», после чего перебрался в «Маттерсбург», который являлся командой австрийской Бундеслиги.

Таким образом, сезон 2004/2005 стал первой серьёзной проверкой для футболиста. «Маттерсбург» завершил сезон на 8-ой строчке, а Миливое записал на свой счет 2 гола в чемпионате. По окончании года футболист принял весьма спорное решение, поменяв клуб Бундеслиги, пусть и австрийской, на команду 2-ой Лиги. Этим клубом стал «ЛАСК» из города Линц. В составе «черно-белых» Миливое провел следующий сезон, увенчав его восемью забитыми мячами. Это помогло «ЛАСКу» занять лишь 7-ое место в турнирной таблице. Играя в австрийских чемпионатах, Новакович привлек внимание нескольких европейских клубов, среди которых были - «Кёльн», «Бейтар» и «Левски». Однако словенец выбрал болгарский футбольный клуб «Литекс» из города Ловеч, которому предстояло выступление в Кубке УЕФА. 
Сезон в чемпионате Болгарии и еврокубках получился для Новаковича запоминающимся и первым по-настоящему успешным. Миливое выиграл приз лучшего бомбардира сезона, разделив первое место с португалцем Хосе Эмилио Фуртадо («Вихрен» и ЦСКА София). Оба нападающих закончили чемпионат с показателем в 16 голов. По итогам сезона «Литекс» расположился на третьей строчке в таблице и пробился в 1/16 финала Кубка УЕФА, где уступил дорогу французскому «Страсбуру». В первом для себя еврокубке Новакович смог отличиться 3 раза, огорчив вратарей днепропетровского «Днепра», цюрихского «Грассхоппера» и бельгийского «Генка». По окончании сезона нападающий вновь сменил команду, перейдя в «Кёльн», который интересовался игроком годом ранее.
Начало сезона 2006/2007 получилось неудачным как для самого футболиста, так и для клуба. Дебют Новаковича во Второй Бундеслиге состоялся в матче 5-го тура против «Рот-Вайсса» из Эссена. В 9-ом туре нападающий забил свой первый гол за «козлов» в ворота «Ганзы». Вскоре руководство отправило в отставку главного тренера Ханспетера Латура. На смену швейцарскому специалисту пришел Кристоф Даум. Главный тренер смог встряхнуть команду и найти наилучшее применение словенскому форварду. В оставшейся части сезона Миливое огорчал вратарей соперников еще 9 раз, приведя «козлов» к 9-ой строчке в турнирной таблице.
2006 год стал важным в карьере футболиста в национальной сборной, за которую он дебютировал в официальном матче отборочного турнира к Чемпионату Европы 2008. Свои первые голы за сборную Словении в официальных матчах Новакович провел в ворота сборной Люксембурга. 
В сезоне 2007/2008 атакующий дуэт «Новакович-Хелмес» прогремел на всю Германию. Из 62-ух забитых «Кельном» мячей, на счету атакующей пары было 37. Словенский форвард отгрузил в ворота соперников 20 мячей, и с этим результатом стал лучшим бомбардиром Второй Бундеслиги. По ходу сезона, Новаковичу удалось сделать шесть дублей, от его голов пострадали «Кобленц», «Вехен», «Падерборн», «Эрцгебирге», «Аугсбург» и «Карл Цейсс». Все это помогло «козлам» занять 3-ее место, и по итогам сезона пробиться в Первую Бундеслигу, решив главную задачу на сезон.
В начале нового футбольного года Кристоф Даум сделал Новаковича капитаном «Кельна». Окрыленный форвард продолжил штамповать голы и на более высоком уровне, забив свой первый гол уже в 1-ом туре в ворота «Вольфсбурга», будущего чемпиона Германии сезона 2008/2009. В конце года на счету нападающего набралось 16 забитых мячей, что составило почти половину от 35 мячей забитых «Кёльном» в сезоне. В свой дебютный сезон в Первой Бундеслиге команда Кристофа Даума смогла закрепиться в турнире, расположившись на 12 месте в таблице, а Миливое Новакович подтвердил статус классного нападающего и лидера своей команды. На данный момент на 30-ти летнего игрока претендуют несколько клубов, среди которых наибольшую активность проявляет «Штутгарт». В любом случае, хочется надеяться, что Новакович выберет одну, из команд Бундеслиги. и продолжит радовать своей игрой любителей немецкого чемпионата.